К началу Второй Мировой Воёны, 22 июня 1941 года, в приграничных морских зонах СССР имелось три флота: Северный, Краснознамённый Балтийский и Черноморский. В составе трёх флотов имелось около 220 тысяч человек личного состава, 182 корабля основных классов (3 линкора, 7 крейсеров, 45 лидеров и эсминцев и 127 подводных лодок).
Северный флот в течение войны увеличил свои силы. Так, к началу Великой Отечественной он располагал всего пятнадцатью подводными лодками, сведенными в одну бригаду и восемью эскадренными миноносцами, семью сторожевыми кораблям, (практически все сторожевики являлись мобилизованными на период войны гражданскими судами), его авиация насчитывала всего 116 боевых самолетов, в основном устаревших типов.
К 1945 году в составе СФ были линейный корабль «Архангельск», крейсер «Мурманск», семнадцать эскадренных миноносцев
К началу Великой Отечественной войны Краснознаменный Балтийский флот имел в составе шестьдесят два надводных корабля: два линкора — «Марат» в Ленинграде и «Октябрьская революция» в Таллине; два крейсера — «Киров» (пр.26) и «Максим Горький» (пр.26 бис); два лидера эскадренных миноносцев — «Минск» (пр.38) и «Ленинград» (пр.1), девятнадцать эсминцев (пять — пр.7, семь — пр.7У и семь — типа «Новик»), семь СКР (четыре — пр.39, три — пр.2), четыре минных заградителя, двадцать четыре тральщика, две канонерские лодки, шестьдесят восемь подводных лодок, девяносто пять катеров.
В боевом составе военно-воздушных сил флота насчитывалось пятьсот девяносто пять боевых самолетов, в том числе сто пятьдесят семь бомбардировщиков/торпедоносцев.
К началу Великой Отечественной войны Чёрноморский флот располагал хорошо оснащённым по тому времени флотом в составе 1 линкора («Парижская коммуна»), 5 крейсеров, 3 лидеров, 16 эскадренных миноносцев, 1 учебного крейсера «Коминтерн» (1906 г. постройки), 47 подводных лодок, 2 бригады торпедных катеров, нескольких дивизионов тральщиков, сторожевых и противолодочных катеров, ВВС флота (св. 600 самолётов) и сильной береговой обороны.
В состав Черноморского флота входили Дунайская (до ноября 1941) и созданная в июле 1941 Азовская военная флотилии.
